Während früher bei Betriebsprüfungen die Belegprüfung im Vordergrund stand, erledigt das heute die IT für den Betriebsprüfer. Die Prüfer lassen sich im Vorfeld der Prüfung zumeist die Buchhaltungsdaten in elektronischer Form übermitteln. So ist z.B. Ihr Kassenkonto binnen Sekunden auf Plausibilität geprüft. Im Finanzamt werten dann Spezialisten diese Daten mittels eines Programms (IDEA) aus. Die Resultate zeigen Auffälligkeiten und geben dem Betriebsprüfer wichtige Hinweise, was er sich ansehen sollte.
Dies kann z.B. ein außergewöhnlicher Wert sein oder eine Buchung, die aufgrund der Bezeichnung und der Höhe des Betrages nicht stimmig ist. Auch bei der Überprüfung von Debitoren, Inventar, Kostenstellen oder Darlehen kann IDEA weitreichende Einblicke gewähren. IDEA kann z.B. auch die Summierung von numerischen Feldern nach Plausibilität überprüfen oder, ob eine Rechnung zu einem bestimmten Vorgang ausgestellt und ob der Rechnungsbetrag auf einem Konto gebucht wurde. Mehrfachbelegungsanalysen können doppelte Zahlungen an Lieferanten, mehrfache Eingabe derselben Artikelnummer bei der Inventur oder bei der Ermittlung doppelter Namen oder Adressen bei Versicherungsansprüchen aufdecken. Zudem wird ein Betriebsprüfer nicht nur auf Daten aus Ihrem Unternehmen zurückgreifen, sondern auch auf Kontrollmitteilungen anderer Finanzämter- auch aus dem Ausland.
Betriebsprüfer heute befassen sich überwiegend mit Vertragsprüfungen und – sofern vorhanden – grenzüberschreitenden Lieferungen und Leistungen innerhalb einer Unternehmensgruppe. Im Rahmen der Vertragsprüfungen wird z.B. geprüft, ob einer bestimmten internen Transaktion oder Transaktion mit Mitarbeitern oder Gesellschaftern überhaupt ein zuvor abgeschlossener und unterzeichneter Vertrag zugrunde lag und ob die gewählten Konditionen fremdüblich waren. Im Rahmen von konzerninternen grenzüberschreitenden Lieferungen und Leistungen ist die Angemessenheit der gewählten Verrechnungspreise zu belegen. Werden bestimmte Grenzen überschritten ist eine Verrechnungspreisdokumentation vorzulegen, die die strengen formalen und materiellen Anforderungen des Gesetzgebers erfüllt. Wer dem nicht binnen 30 Tagen nach Erhalt der Prüfungsanordnung nachkommt hat in der Regel mit empfindlichen Nachteilen zu rechnen. Das reicht von verdeckten Gewinnausschüttungen und Korrekturen nach § 1 AStG, über fiktive Gewinnschätzungen des Finanzamtes bis hin zu Zuschlägen und Zinsen. Außerdem werden die grenzüberschreitenden Lieferungen und Leistungen daraufhin untersucht, ob die komplexen umsatzsteuerlichen und zollrechtlichen Vorschriften eingehalten wurden. Gerade bei den beiden Letzteren stellen die Prüfer immer wieder Fehler fest, die bei sorgfältiger Analyse des Sachverhalts hätten vermieden werden können.
In den Betriebsprüfungen waren 2023 bundesweit 12.394 Prüferinnen und Prüfer tätig. Es wurde ein steuerliches Mehrergebnis von rund 13,2 Mrd. Euro festgestellt, wovon 10,2 Mrd. Euro auf die Prüfung von Großbetrieben entfielen.
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